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乳酸菌是益生菌菌種的主要來源之一。在乳酸菌中，乳酸桿菌屬與動物關系zui密切，它是動物腸道和中占優勢的菌群之一。畜禽服用乳酸菌后，乳酸菌可以改變腸道內環境，維持腸道菌群生態平衡，阻止致病菌對腸道的入侵和定植、抑制有害菌繁殖，增強機體的免疫功能和畜禽的抗病能力，預防和抑制腫瘤發生、控制內毒素、改善過敏反應、降低、調節血脂、緩解肝硬化、提高營養利用率、促進營養吸收、產生風味物質、緩解乳糖不耐癥、改善便秘、防治腹瀉，提高成活率和日增重。乳酸菌是腸道常在菌。

乳酸菌在中的主要作用為增強雞的抗病力、參與機體的物質代謝、營養轉化和合成，從而提高肉雞的增重、飼料轉化率，改善蛋雞的產蛋率和蛋的品質，并且可以減少養殖環境及糞便中有害氣體的含量。另外，乳酸菌還可以取代抗生素發揮抗菌作用，從而提高食品安全。

乳酸菌在養豬中的使用效果也很好，可顯著提高豬的日增重、飼料轉化率、降低仔豬腹瀉和死亡率、改善母豬的力。特別是當豬只處于斷乳、運輸、轉群、產仔、氣溫突變或患病等應激條件時，應用效果更好。

乳酸菌微生態制劑在復胃動物養殖中的應用要結合復胃動物特殊的生理結構，研制出、實用的產品。內蒙古農業大學“乳品生物技術與工程”教育部重點實驗室的科研人員通過、大量的工作，分離出了一些的乳酸菌，如干酪乳桿菌。研究表明，這些乳桿菌表現為良好的耐酸性生長和耐受人工消化液的特性，具備了作為益生菌的首要條件和開發應用的價值。